船舶系統應用：
有關船舶相關的應用科技一直是本系的發展方向與重點，本系所規劃之船舶系統應用領域分為流力系統、結構系統、輪機系統等三個應用領域。
在流力系統方面，以培育優秀舟艇設計人才為目標；在輪機系統方面，則以培育優秀船舶艤裝人才為目標在結構系統方面，則以船舶結構學為出發點，以發展水下載具為目標；最終目的是整合流力系統、結構系統、輪機系統等三個體系，進行海洋相關工程應用，以培育海洋高科技專業人才為目標。
(1) 船舶流力系統：
本組修課內容以流體力學、船舶靜力學為基礎，配合船舶阻力與推進、船舶設計基礎、系統設計理論與電腦輔助船舶設計等課程，輔以船舶實驗設計原理與綜合實驗課程，提供學生船舶設計之基礎能力與知識。
(2) 船舶結構系統：
本組修課內容以材料力學、船舶結構學為基礎，配合船舶設計基礎、系統工程分析與電腦輔助船舶設計等課程，輔以船舶實驗設計原理與綜合實驗課程，提供學生船舶 結構分析之能力。
(3) 船舶輪機系統：
本組修課內容以電子學、船舶機電概論為基礎，配合造機設計原理、系統設計理論、船舶輔機與船舶艤裝設計等課程，輔以電腦輔助船舶設計與綜合實驗課程，提供學生船舶艤裝與輪機系統設計之基礎能力與知識。

機電系統應用：
機電系統應用是一門藉由自動控制技術進行整合機械、電子、電腦的整合性工程技術，藉由信號的傳遞與回授控制方法將控制、電腦、電子、電力、感測、機械等技術領 域整合完成為自動化系統工程技術。
本系所規劃之機電系統應用領域分為通訊系統、電力系統、光機電系統及控制系統等 四個應用領域，並整合應用於自動化、能源、海洋、運輸等產業，其重點包含機電與資訊整合、自動化、電腦視覺、人工智 慧、半導體製程、電子元件封裝、先進船舶機電系統、聲納系統、高性能載具等研發。以培育機電系統跨領域人才為目標。
(1) 通訊系統：
 本組主要從事訊號處理、通訊、資料傳輸與水中聲學等研究工作。
(2) 電力系統：
本組修課內容以電機機械與電力系統為基礎，運用機電與系統整合之概念，進行電力系統之開發與研究作業。
(3) 光機電系統：
本組主要從事運用電子學、電工學等基本概念，進行機電系統整合與系統設計、分析等技術進行光機電系統之研究與設計工作，並配合微機電系統理論與微感測元件之 應用，進行微光機電系統之研究及開發。
(4) 控制系統：
本組經由學習自動控制、機電系統整合等線性系統分析等自動控制相關課程內容，輔以實驗、工程量測與系統分析等實際訓練，進而從事自動控制系統之相關研究與設計。